Esta institución fue creada por ordenanza Nª 33 de diciembre 30 de 1968; inició labores el 15 de enero de 1968 en un amplio local frente a RCN Urabá. Ese mismo año fue trasladado a un local de la escuela Madre Laura, con el nombre de Liceo Madre Laura, dirigido por la hermana Lucelly Álvarez.
La institución comenzó con un total de 35 alumnos y 4 profesores. más tarde, al ser trasladado a la Escuela Barrio Vélez tomó el nombre de Liceo Superior de Urabá , nombre que despertó controversia por lo que en 1973 se le cambio por JOSE CELESTINO MUTIS en memoria de ese gran sabio.
A raíz de la reorganización educativa motivada por la resolución 1503 del 20 de febrero de 2003 se fusionan las escuelas Barrio Vélez, Mateguadua y serranía constituyéndose en Institución Educativa José Celestino Mutis.
Para el 2011 asume la jornada nocturna y sabatina, albergando una población de 3030 estudiantes, atendidos por 79 docentes, 6 coordinadores ,1 rectora, 2 secretarias, 1 bibliotecaria; distribuidos en las sedes Vélez, Mutis Central, Mateguadua y debido a la construcción del mega colegio hubo necesidad de ubicar el personal de la sede pueblo Quemao en aulas en calidad de arrendamiento ubicadas en el colegio cooperativo y el colegio Interamericano.
Iniciando el 2013 se fusionan todas las sedes a una nueva planta física ubicada en el barrio serranía con la denominación de MEGACOLEGIO. Albergando una población de 3150 tres mil ciento cincuenta estudiantes distribuidos en jornada diurna, nocturna y sabatina.
En la actualidad cuenta con 75 docentes, 4 coordinadores, 1 rector, tres auxiliares administrativas, 2 bibliotecarias, una docente orientadora Para un total de 85 funcionarios en su planta de cargos.
